El Isidro Menéndez fue el equipo más popular en su época pero nunca llego a militar en primera división por sí solo.
El equipo “calero” llegó a la primera división del fútbol profesional en el año de 1985, conocido como. “cementero”, el CESSA
Su primer plantel en liga mayor fue formado con jugadores de equipos como el Once Lobos, ADET, FAS, Alianza, Atlético Marte, Luis Ángel Firpo y ADOC.
Para el mes de marzo de 1986 la junta general de socios, deciden cambiar el nombre de CESSA por el de Metapán F. C., el club oficializó entonces como uniforme principal camiseta amarilla, calzoneta azul-celeste y medias blancas y como auxiliar camiseta amarilla oro, calzoneta blanca y medias blancas, señalando como sede el estadio “Oscar Alberto Quiteño” en Santa Ana y la cancha Los Sauces en Metapán como subsede.
En el campeonato 1986-1987 Metapán F.C. se ubica en el octavo lugar, y en la próxima temporada (1987-88) también se ubica en el octavo lugar, en esta temporada el mejor goleador metapaneco fue el uruguayo Clemente Uruguay Gussoni con 12 goles. El año de 1988 fue importante para Metapán F. C. pues se le aprueba la personería Jurídica, la cual salió publicada en el Diario Oficial en diciembre de este año.
El club se define como entidad no lucrativa y de carácter apolítica, que se
perseguiría el objetivo de fomentar por todos los medios posibles la práctica del deporte, teniendo como norma especial el dar toda la colaboración posible a las autoridades deportivas.
En el campeonato 1988-89, nuevamente el club calero se ubica en el séptimo lugar, siendo sus goleadores principales Ernesto Alfaro Peña y Walter Martínez además el jugador Luis Francisco Sandoval fue uno de los jugadores más disciplinados del campeonato. Para el campeonato 1990-91, los diez equipos se ubicaron en dos grupos.
En el grupo “A” el equipo metapaneco obtuvo el tercer lugar, que aunque no le dio oportunidad de entrar a la final, si disputó la final del campeonato de copa contra el Atlético Marte, siendo este último el ganador del título.
En el campeonato 1991-92, el equipo tuvo una serie de altibajos que lo llevó a claudicar ante el C. D. Cojutepeque, lo que lo llevó a la liga de Ascenso.
Metapán se fusiono con el C.D. Isidro Menéndez en el año 2001 y logro el acenso a la liga Mayor “A”, en ese mismo año cuando derroto 3 x 2 al Jocoro en el estadio Flor Blanca hoy conocido como Mágico Gonzales.
Desde entonces Metapán ha disputado cuatro semifinales, y dos finales una en el Apertura 2005 la cual perdió ante el Vista Hermosa.
La otra final fue en el Clausura 2007 donde derroto al Firpo y se corono campeón del fútbol Salvadoreño.
El Metapán ha obtenido siete títulos de campeón en su historia en primera división: Clausura 2006 (venciendo al Firpo 1-0), Apertura 2008 (superando 4-3 al Chalatenango en penaltis luego de empatar 3-3 en 90 minutos), Clausura 2008 (ganando, de nuevo, 1-0 al Firpo), Clausura 2009 (imponiéndose 3-1 al Águila), Apertura 2010 (4-3 en penaltis ante el Alianza, luego de un 0-0) y Apertura 2011 (coronándose con un 1-0 sobre el Once Municipal).
Perdió la final del Clausura 2012 1-2 contra el Águila. En Diciembre del 2012 recupero la corona de campeón al derrotar nuevamente al Alianza en una final por la vía de los penales.
Metapán desde que subió a la primera división se ha destacado como uno de los mejores equipos que militan actualmente en la Primera División del fútbol salvadoreño.
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